I Danmark kan Thales prale af en række betydelige præstationer inden for togtransport. To af de mest kendte projekter omfatter modernisering af det danske hovedlinje signal og billetsystemet ‘Rejsekortet’. Thales har leveret det danske Rejsekort-system og har ansvaret for dets drift og vedligeholdelse i de næste 5 år.
I 2012 underskrev Thales en kontrakt om at designe og bygge et nyt ETCS niveau 2 signalsystem i Jylland i Danmark. I 2012 tildelte Bane Danmark, som er den danske myndighed for jernbaneinfrastruktur, en kontrakt til et konsortium bestående af Thales og Strukton Rail. Kontrakten omhandlede en opgradering af signalsystemet i Jylland. Beliggende i den vestlige del af Danmark, moderniserede projektet cirka 1.200 kilometer af det danske jernbanenet (60%) med det nye europæiske ETCS niveau 2 system. Siden har Thales i Danmark arbejdet med design og struktur af systemet i tæt samarbejde med Strukton Rail. Den første linje blev sat i drift i oktober 2018, den anden linje i april 2020 og den tredje i april 2021.
Thales har leveret det landsdækkende danske Rejsekort-system og har ansvaret for drift og vedligeholdelse. Det komplette system håndterer nu i gennemsnit 1 million transaktioner om dagen og godt over 100 millioner rejser om året. I slutningen af 2019 var der ca. 3 millioner aktive rejsekort.
I 2018 købte Thales den danske tech start-up virksomhed, Cubris, der fokuserer på bæredygtige, intelligente systemer og samlede løsninger til jernbanevirksomheden. Cubris’ hovemål er altid at være fleksibel og åben og reducere den overordnede miljøpåvirkning, samtidig med, at den generelle effektivitet af jernbanen forbedres. Cubris’ kerneprodukt, GreenSpeed, er et navigationssystem til tog, der reducerer energiforbruget og forbedrer punktligheden.
I Danmark har de danske statsbaner (DSB) kørt med GreenSpeed siden 2012. DSB har nydt godt af merværdi samt en forbedret tidsplanlægning og kundeoplevelse, efter GreenSpeed blev introduceret, hvilket resulterer i større punktlighed og en generel større kundetilfredshed.